Une nouvelle variante du SARS-CoV-2 est apparue au Royaume-Uni, qu’en savons-nous pour l’instant? Depuis quelques semaines, il y a une augmentation rapide des cas de COVID-19 dans le sud-est de l’Angleterre, ce qui a conduit les autorités britanniques à renforcer les mesures restrictives. L’analyse des données de séquence du génome viral a identifié une grande proportion de cas appartenant à une nouvelle variante du SRAS-CoV-2.
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Que savons-nous de la nouvelle variante du SARS-CoV-2?
La nouvelle souche présente plusieurs mutations dans le spicule, qui est la protéine que le virus utilise pour pénétrer dans les cellules humaines et, selon le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC), pourrait avoir une capacité de transmission jusqu’à soixante-dix fois plus élevée. Bien que pour le moment il ne semble pas que cette nouvelle variante, provisoirement appelée VUI-202012/01, soit plus mortelle ou produise des infections plus graves, il est encore tôt pour connaître les détails.
Dans tous les cas, les virus mutent très fréquemment et ce n’est pas la première variante trouvée qui inquiète les autorités sanitaires. Par exemple, l’été dernier au Danemark, des millions de visons infectés par une autre variante du SRAS-CoV-2 qui présentait un risque important pour l’homme. La question inévitable que nous nous posons tous est la suivante: les vaccins seront-ils efficaces aussi pour ces nouvelles variantes du virus qui apparaissent?
«Nous ne constatons jusqu’à présent aucune augmentation de la virulence (gravité clinique) ou des changements majeurs de S (pic de protéine) qui réduiraient l’efficacité du vaccin», déclare Julian Tang, professeur honoraire de virologie clinique à l’Université de Leicester: «Les nouveaux virus s’adapteront à un nouvel hôte au fil du temps – avec une mortalité décroissante et éventuellement une transmissibilité accrue. Cela n’a aucun sens pour le virus de tuer son hôte – plutôt mieux pour qu’il se réplique à des niveaux élevés dans l’hôte, causant peu de symptômes – pour que l’hôte puisse rester mobile et paraître bien (asymptomatique) – pour lui permettre de se mélanger davantage avec ceux qui sont encore sensibles – et répandent davantage ses gènes. Nous assistons probablement maintenant à une partie de ce nouveau processus d’adaptation de l’hôte dans le SRAS-COV-2, mais il reste à voir si la mortalité sera différente avec cette variante par rapport à la précédente.
La PCR est-elle capable de détecter le nouveau variant?
Une autre question qui se pose est de savoir si les tests habituellement utilisés sont capables de détecter les nouvelles souches. Le directeur de l’initiative de génomique SRAS-CoV-2 au Wellcome Sanger Institute explique que: «L’une des mutations de la nouvelle variante supprime six bases du génome viral qui codent pour les acides aminés 69 et 70 de la protéine de pointe. Par coïncidence, cette région est l’une des trois cibles génomiques utilisées par certains tests PCR, et donc dans ces tests, ce «canal» est négatif sur le nouveau variant. Cependant, les deux autres canaux, qui ne sont pas affectés par la nouvelle variante, assurent la redondance et signifient que le virus est toujours détecté par le test combiné. Je n’ai connaissance d’aucun test commercial qui n’utilise qu’une seule cible dans cette partie du génome viral, mais s’il y en a, ils devraient être soigneusement étudiés. »
Que savons-nous de la nouvelle variante du SARS-CoV-2?
L’ECDC recommande également de revoir les performances des tests PCR et de suivre les cas suspects de réinfection par COVID-19 en séquençant les virus isolés de ces cas pour identifier de nouvelles variantes. «Avec la mise en œuvre de la vaccination, une surveillance étroite des personnes vaccinées par le COVID-19 devrait être assurée pour identifier les échecs de vaccination possibles et les infections de rupture. Les virus isolés de ces cas doivent être séquencés et caractérisés génétiquement et antigéniquement », a déclaré l’agence dans son rapport sur la nouvelle variante du SRAS-CoV-2.
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